При регистрации на портале Mos.ru лучше проверить, что Вы также зарегистрированы и на портале Госуслуги. Причина - учетные записи на этих порталах, если гендиректор ранее регистрировался на них под логином и паролем могут быть рассинхронизированы. Если же ранее гендиректор не регистрировался ни на портале госуслуги, на на потрале Москвы и у него есть квалифицированная электронная подпись - зайти на портал можно сразу по электронной подписи.

Алгоритм ниже приведен для настройки входа на портал Госуслуги по электронной подписи и далее - на портал города Москвы.

1) Регистрируемся на портале gosuslegi.ru и проходим аутентификацию (подтверждаем свою личность) через мобильный телефон. На портал госуслуги лучше заходить через браузер InternetExplorer. Хотя возможны и иные варианты - Opera, Google.

Войти -Зарегистрируйтесь.
2) В профиле физического лица (настройки) разрешаем использование электронной подписи. Далее пробуем войти с использованием электронной подписи на портал госуслуги. При необходимости устанавливаем плагины (вид зависит от используемого браузера) путь к корому уазан в подсказке.
Также на компьютере должна быть установлена программа криптозащиты - бесплатная VipNet CSP 4.0 (или выше) или платная КриптоПро CSP 4.0 (или выше).
Естественно Ваша электронная подпись должна относиться к той или иной программе. Электронная подпись может находиться на флешке или ином носителе. Главное - прописать ее (зарегистрировать) в используемой программе криптозащиты на Вашем ПК. Подходит практически любая квалифицированная подпись. Например для сдачи отчетности (1С-Отчетность и др).
3) В профиле физического лица создаем новую организацию генеральным директором которой являемся. При этом данные по организации заполняются автоматически по реквизитам используемой электронной подписи.
4) Заходим на портал города Москвы (Mos.ru) по электронной подписи (через портал госуслуги).
При первом входе выполняется автоматическая регистрация пользователя и создание личного кабинета.
Переходим в личный кабинет.Сразу видем форму "Как подать сведения о количестве сотрудников в период действия режима повышенной готовности"
5) Переходим по ссылке и попадаем на страницу "1.Как организациям и ИП нужно сообщать о своих сотрудниках?" Подать сведения.
Если количество запросов к сервису превышено - видим песочные часы и соответствующее предупреждение.
Если все хорошо - откроется форма для загрузки файла.
6) прикрепляем файл с отчетом формата EXCEL ранее созданный в программе 1С (Бухгалтерия или ЗУП)и отправляем на обработку. При отсутствии данных пограмм (если Вы до сих пор ведете учет в тетрадке или на счетах))) - шаблон для заполнения отчета можно скачать здесь же на портале Mos.ru.
ВОТ и ВСЕ! Успехов Вам!